Ubicado en el ex Convento de San Francisco, su construcción inició en el siglo XVI y concluyó en el siglo XVIII. Desde este lugar partieron las misiones que colonizaron y evangelizaron el norte de México. Los trabajos de restauración del inmueble histórico se llevaron a cabo de 1987 a 1990.

El museo abrió sus puertas el 5 de julio de 1990, en honor del destacado pintor zacatecano Rafael Coronel, de quien se exhiben obras realizadas especialmente para este museo. En el año 2000 fue ampliado en sus instalaciones y acervo.

En sus salas resguarda un acervo de más de 16 mil piezas, entre máscaras, dibujos, ollas, terracotas, objetos prehispánicos, títeres, exvotos, cuadros, artesanías, instrumentos musicales y muebles coloniales.

Su colección de máscaras es considerada como la más grande del mundo.